Сын и отец

Здравствуйте, Маргарита! Не спешите. Сперва постройте отношения между собой и родным отцом ребенка. Убедитесь, что ситуация с его уходом не повториться. Дайте СЕБЕ время.
Сыну лучше говорить, что папа его любит, что пока он по воле обстоятельств не может быть рядом.
Когда Вы точно будете уверены, что доверять биологическому отцу можно, позвольте ему присоединиться к Вам с сыном на прогулке. Пусть мужчины найдут общий язык на нейтральной территории. Затем можно будет пригласить отца в гости. И так постепенно выстроить между ними отношения.
Только когда пройдет время и мальчик подружится с отцом, можно будет выбрать момент и предложить называть его "папа". Если он с радостью согласится, значит Вы все сделали верно. Если же нет, не настаивайте.
А о том, кто родной, а кто нет, расскажите потом, когда ребенок вырастет и сможет понять ВАС как женщину.
Пока же дайте взрослому мужчине самому построить отношения с мальчиком так, чтобы ребенок САМ захотел назвать его отцом. Время расставит точки. А Вы берегите себя и ребёнка.

В такой сложной ситуации ребенку будет сложно понять почему "чужой дядя" является для  малыша биологическим отцом. Поэтому в данном случае спешить рассказывать и объяснять  кто настоящий отец не стоит. Ведь в его глазах родной папа - это не биологический отец, который его воспитал с пеленок. Для начала познакомьте мальчика с родным отцом как друга, пусть мальчик подружится с ним. Побольше проводите время вместе, чтобы мальчик привык к новой обстановке. И когда вы увидите, что малыш хорошо в контакте с настоящим отцом, можете предложить называть его "папа" и наблюдайте за реакцией мальчика, если реакция будет отрицательной, то дайте ребенку время и не настаивайте на обратном (!)
Полностью ситуацию вы можете объяснить, когда ребенок уже станет взрослым и будет понимать такие вещи как биологический отец, на данном этапе возраста ребенок не поймет даже этих слов.