Нужно ли изменить терапию? Возможно ли улучшение состояния?

Консультация

Добрый день!

Возможно ли изменение терапии Улучшение остояния?

У моего близкого приятеля заболевание Эрба- Рота проявившееся с 3- х лет.. Он живет в Брянске. Местный невролог ничего кроме Актовегина и Нейромидина не дает. Возможно ли изменить терапию? есть ли шансы приостановить ухудшение состояния? куда обратиться?

Очень светлый и талантливый молодой человек. Ему 27 лет. последнее время состояние медленно, но стало ухудшаться. он сдал анализ(сделал в Москве), вот его результаты:

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

по результатам секвенирования ДНК (панель "Нервно

-

мышечные заболевания"

)

Пациент:

Дмитрий Олегович

Пол:

Мужской

Дата рождения:

17.05.1990

Вид материала:

Кровь (венозная)

Дата забора:

18.08.2017

Диагноз:

Мышечная дистрофия Эрба

-

Рота

1.

Патогенные мутации

, являющиеся вероятной причиной заболевания

Положение (hg19)

Генотип

Ген

Положение в

кДНК

Замена АК

Экзон

Транскрипт

Частота

аллеля*

Глубина

прочтения

Не выявлено

2. Вероятно патогенные мутации, являющиеся возможной причиной заболевания

Положение (hg19)

Генотип

Ген

Положение в

кДНК

Замена АК

Экзон

Транскрипт

Частота

аллеля*

Глубина

прочтения

Не выявлено

3. Мутации с неизвестным клиническим значением, имеющие возможное отношение к

фенотипу. Для уточнения статуса патогенности таких мутаций и их отношения к заболеванию

у пациента могут потребоваться дополнительные исследования.

Положение (hg19)

Генотип

Ген

Положение в

кДНК

Замена АК

Экзон

Транскрипт

Частота

аллеля*

Глубина

прочтения

chr17: 10432151C>A

C/A

MYH2

c. 3600G>T

p.Lys1200Asn

27

NM_001100112.1

н/д

108x

*Частоты аллелей приведены по базе Exome Aggregation Consortium (выборка до 60702 человек). н/д = нет данных (не описан)

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ

У Трофимова Дмитрия Олеговича был проведен поиск патогенных мутаций, ассоциированных с

наследственными нервно

-

мышечными заболеваниями, а также с другими наследственными

заболеваниями со сходными фенотипическими проявлениями.

Выявлена ранее не описанная гетерозиготная мутация в 27 экзоне гена

MYH2

(chr17: 10432151C>A), приводящая к замене аминокислоты в 1200 позиции белка (p.Lys1200Asn,

NM_001100112.1). Гетерозиготные, гомозиготные и компаунд

-

гетерозиготные мутации в гене

MYH2

описаны у пациентов с проксимальной миопатией и офтальмоплегией (OMIM: 605637).

Мутация не зарегистрирована в контрольных выборках "1000 геномов", ESP6500 и ExAC.

Алгоритмы предсказания патогенности расценивают данную мутацию как вероятно патогенную

(SIFT: 0.000, Polyphen2_HDIV: 1.000, Polyphen2_HVAR: 1.000, MutationTaster: 1.000, PROVEAN: -

3.240) либо как вариант с неопределенной клинической значимостью (LRT: U). По совокупности

сведений, мутацию следует расценивать как вариант с неопределенной клинической

значимостью, который, тем не менее, может иметь отношение к фенотипу пациента в случае

получения дополнительных подтверждающих данных.

Стр.

2

из

5

Результат требует тщательного сопоставления с клиническими признаками и анализа

происхождения мутации (унаследованная или

de novo

).

Других значимых изменений, соответствующих критериям поиска, не обнаружено.

АНАЛИЗ ВАРИАЦИЙ ЧИСЛА КОПИЙ

По итогам анализа покрытия (избыточности прочтения) секвенированных генов получены данные

в пользу наличия гомозиготной делеции сегмента хромосомы 5

с приблизительными границами

70247743

-

70247843 п. о., захватывающей экзон 7 гена

SMN1

(LOD 2.34; NM_022874). Гомозиготные

делеции участков гена

SMN1

описаны у пациентов со спинальной мышечной атрофией (OMIM:

253300, 253550, 253400). В случае подтверждения н

аличия делеции референсными методами, ее

следует расценивать как вероятно патогенную.

Результат требует тщательного сопоставления с клиническими признаками, а также

обязательного подтверждения наличия делеции референсным методом.

Рекомендуется консульта

ция врача

-

генетика. Результаты данного исследования могут быть

правильно интерпретированы только врачом

-

генетиком.

Стр.

3

из

5

ОПИСАНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Анализ ДНК пациента проведен методом парно

-

концевого чтения (2x151 п. о.) со средним

покрытием не менее 70

-

100х. Для

пробоподготовки была использована методика селективного

захвата участков ДНК, относящихся к кодирующим областям генов с известным клиническим

значением, в том числе

AARS, ABCC9, ABHD12, ABHD5, ACAD9, ACADM, ACADS, ACADVL, ACTA1,

ACTC1, ACTN2, ACVR1, ADCY6,

AGL, AGRN, AIFM1, AKAP9, ALDOA, ALG13, ALG14, ALG2, ALS2, AMPD1,

ANG, ANK2, ANO5, ARHGEF10, ASAH1, ATL1, ATL3, ATP2A1, ATP2A2, ATP7A, ATXN2, B3GALNT2,

B4GAT1, BAG3, BICD2, BIN1, BMPR2, BSCL2, C10orf2, C12orf65, C9orf72, CACNA1C, CACNA1D,

CACNA1S, CACNB2,

CALR3, CAPN3, CASQ1, CASQ2, CAV3, CCDC78, CCT5, CFL2, CHAT, CHCHD10, CHKB,

CHMP2B, CHRNA1, CHRNB1, CHRND, CHRNE, CHRNG, CHST14, CLCN1, CNTN1, CNTNAP1, COL12A1,

COL4A1, COL6A1, COL6A2, COL6A3, COLQ, COX6A1, CPT2, CRYAB, CSRP3, CTDP1, DAG1, DAO, DARS,

DCAF8,

DCTN1, DES, DHTKD1, DMD, DNA2, DNAJB2, DNAJB6, DNAJC3, DNM2, DNMT1, DOK7, DPAGT1,

DPM2, DPM3, DPP6, DSC2, DSG2, DSP, DST, DTNA, DYNC1H1, DYSF, ECEL1, EGR2, EMD, ENO3, ERBB3,

ERBB4, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERCC6, ERCC8, ETFA, ETFB, ETFDH, EXOSC3, EXOSC8, EYA4

, FAM134B,

FBLN5, FBN1, FBN2, FBXO38, FGD4, FHL1, FIG4, FKBP10, FKBP14, FKRP, FKTN, FLNC, FUS, FXN, G6PC,

GAA, GAN, GARS, GBE1, GDAP1, GFPT1, GJA1, GJA5, GJB1, GLA, GLE1, GMPPB, GNB4, GNE, GPD1L, GRN,

GYG1, GYS1, GYS2, HADH, HADHA, HADHB, HARS, HCN4, HEXA,

HINT1, HK1, HNRNPA1, HNRNPA2B1,

HNRNPDL, HOXD10, HSPB1, HSPB3, HSPB8, IGHMBP2, IKBKAP, INF2, ISCU, ISPD, ITGA7, JPH1, JPH2, JUP,

KARS, KBTBD13, KCNA5, KCND3, KCNE1, KCNE2, KCNE3, KCNH2, KCNJ2, KCNJ5, KCNQ1, KIF1A, KIF1B,

KIF5A, KLHL40, KLHL41, LAMA2, LAMA

4, LAMB2, LAMP2, LARGE, LDB3, LDHA, LITAF, LMNA, LMOD3,

LPIN1, LRP4, LRSAM1, MAMLD1, MARS, MATR3, MED25, MEGF10, MFN2, MPZ, MSTN, MTM1,

MTMR14, MTMR2, MUSK, MYBPC1, MYBPC3, MYF6, MYH14, MYH2, MYH3, MYH6, MYH7, MYH8, MYL2,

MYL3, MYLK2, MYOT, MYOZ2, MYPN, NA

LCN, NDRG1, NEB, NEFH, NEFL, NEXN, NGF, NPPA, NTRK1,

OPA1, OPA3, OPTN, ORAI1, PABPN1, PDHA1, PDK3, PFKM, PFN1, PGAM2, PGK1, PGM1, PHKA1, PHKA2,

PHKB, PHKG2, PIEZO2, PIP5K1C, PKP2, PLEC, PLEKHG5, PLN, PLOD2, PMP22, PNPLA2, POLG, POLG2,

POMGNT1, POMGNT2, POM

K, POMT1, POMT2, PRDM12, PRKAG2, PRPH2, PRPS1, PRX, PSEN1, PSEN2,

PTRF, PUS1, PYGL, PYGM, RAB7A, RAPSN, RAX2, RBCK1, RBM20, REEP1, RNF170, RRM2B, RYR1, RYR2,

SBF1, SBF2, SCN10A, SCN11A, SCN1B, SCN3B, SCN4A, SCN4B, SCN5A, SCN9A, SCO2, SEPN1, SEPT9, SETX,

SG

CA, SGCB, SGCD, SGCE, SGCG, SH3TC2, SIGMAR1, SIL1, SLC12A6, SLC16A1, SLC22A5, SLC25A20,

SLC37A4, SLC5A7, SMCHD1, SMN1, SMN2, SNAP25, SNTA1, SOD1, SOX10, SPEG, SPG11, SPTLC1, SPTLC2,

SQSTM1, STAC3, STIM1, SUCLA2, SURF1, SYNE1, SYNE2, SYT2, TARDBP, TAZ, TBK1

, TCAP, TDP1, TFG,

TGFB3, TIA1, TK2, TMEM43, TMEM5, TMPO, TNNC1, TNNI2, TNNI3, TNNT1, TNNT2, TNNT3, TNPO3,

TPM1, TPM2, TPM3, TRAPPC11, TRDN, TRIM2, TRIM32, TRPA1, TRPM4, TRPV4, TTN, TTR, TUBA4A,

TYMP, UBA1, UBQLN2, VAPB, VCL, VCP, VMA21, VRK1, WNK1, YARS,

YARS2, ZBTB42, ZC4H2.

Обработка данных секвенирования проведена с использованием автоматизированного

алгоритма, включающего выравнивание прочтений на референсную последовательность генома

человека (hg19), постпроцессинг выравнивания, выявление вариантов и

фильтрацию вариантов

по качеству, а также аннотацию выявленных вариантов по всем известным транскриптам каждого

гена из базы RefSeq с применением ряда методов предсказания патогенности замен (SIFT,

PolyPhen2

-

HDIV, PolyPhen2

-

HVAR, MutationTaster, LRT), а т

акже методов расчета эволюционной

консервативности позиций (PhyloP, PhastCons). Для оценки популяционных частот выявленных

вариантов использованы выборки проектов «1000 геномов», ESP6500 и Exome Aggregation

Consortium. Для оценки клинической релевантности

выявленных вариантов использованы база

данных OMIM, специализированные базы данных по отдельным заболеваниям (при наличии) и

литературные данные. В заключение включены только варианты, имеющие возможное

отношение к клиническим проявлениям у пациента. Полим

орфизмы, классифицированные по

различным критериям как нейтральные, не включены в заключение.

Стр.

4

из

5

Ограничения методики: метод не позволяет выявлять инсерции и делеции длиной более 10 п. о.,

мутации в интронных областях (за исключением канонических сайтов сплайсинга), вариации

длины повторов (в том числе экспансии триплетов), а также мутации в генах, у к

оторых в геноме

существует близкий по последовательности паралог (псевдоген). Метод не предназначен для

определения фазы пар гетерозиготных мутаций, а также для оценки уровня метилирования,

выявления хромосомных перестроек, полиплоидии, выявления мутаций в

состоянии мозаицизма.

Стр.

5

из

5

СВЕДЕНИЯ О КАЧЕСТВЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Всего прочтений

3913106

Всего выявлено вариантов

20336

Длина прочтений

2x151 п. о.

Вариантов после фильтрации по

базовым критериям непатогенности и

оценки по клиническим критериям

1

Прочитано нуклеотидов

1.18 млрд.

Среднее покрытие

76.1x

ССЫЛКИ НА ИСПОЛЬЗОВАННЫЕ БАЗЫ ДАННЫХ И ЛИТЕРАТУРУ

1.

http://www.omim.org/

2.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/

3.

http://evs.gs.washington.edu/EVS/

4.

http://exac.broadinstitute.org/

5.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/

6.

http://decipher.sanger.ac.uk/

7.

http://dgv.tcag.ca/

30.11.2017 г.

Врач

-

генетик

Горгишели К. В.

Биоинформатик

Амплеева М. А.

Жду с надеждой ответа.

Спасибо.